La Stazione San Giovanni riveste un ruolo fondamentale nell’ambito della costruzione della Linea C, soprattutto perché rappresenta il primo nodo di interscambio con la Linea A esistente.
Il progetto ha subito alcune evoluzioni a seguito dei risultati delle indagini archeologiche. Il rinvenimento di strutture antiche da preservare, fino ad una profondità di circa 18-20 metri dal piano campagna, ha fatto si che la Soprintendenza Speciale per i Beni Archeologici di Roma prescrivesse l’impossibilità di effettuare consolidamenti del terreno dal piano campagna a favore di scavi a cielo aperto con modalità archeologica nei terreni di riporto, fino a circa 19 metri di profondità, escludendo la realizzazione di scavi meccanizzati per l’esecuzione delle gallerie di linea nella tratta compresa tra la stazione San Giovanni e la stazione Amba Aradam/Ipponio.
